Молекулярная генетика, микробиология и вирусология

1404-003
ОПТИМИЗАЦИЯ КОДОННОГО СОСТАВА ГЕМАГГЛЮТИНИНА КАК ПЕРСПЕКТИВНЫЙ СПОСОБ ПОВЫШЕНИЯ ИММУНОГЕННОСТИ ГРИППОЗНЫХ ВАКЦИН
Федорова Екатерина Алексеевна, Киселева Ирина Васильевна, Руденко Лариса Георгиевна
ФГБУ «Научно-исследовательский институт экспериментальной медицины» СЗО РАМН, Санкт-Петербург, Россия
Резюме: Искусственное изменение кодонного состава последовательностей генов является перспективным методом, позволяющим контролировать экспрессию. В настоящем обзоре рассматриваются теоретические основы данного метода, собраны литературные данные об опыте применения методики изменения кодонного состава генов различных вирусов в разработке противовирусных вакцин. Особое внимание уделено работам, посвященным повышению иммуногенности противогриппозных вакцин с использованием данного подхода. Рассмотрены перспективы использования оптимизации кодонного состава при разработке вакцин для профилактики гриппа.
Ключевые слова: вирус гриппа, гриппозная вакцина, иммуногенность, оптимизация кодонного состава, influenza virus, influenza vaccine, immunogenicity, codon optimization

1404-010
СПОСОБНОСТЬ ПРИРОДНЫХ КЕТОНОВ ВЗАИМОДЕЙСТВОВАТЬ С БАКТЕРИАЛЬНЫМИ QUORUM SENSING СИСТЕМАМИ
Плюта Владимир Александрович, Попова Александра Антоновна, Кокшарова Ольга Алексеевна, Кузнецов Александр Евгеньевич, Хмель Инесса Александровна
ФГБУН Институт молекулярной генетики Российской академии наук; Российский химико-технологический университет им. Д.И. Менделеева, 123182, Москва; ФГБУН Институт молекулярной генетики Российской академии наук, 123182, Москва; ФГБУН Институт молекулярной генетики Российской академии наук; МГУ им. М.В. Ломоносова, 123182, Москва; Российский химико-технологический университет им. Д.И. Менделеева, 125047, Москва
Резюме: Исследовано действие природных кетонов, образуемых бактериями (2-нонанон, 2-гептанон, 2-ундеканон), на функционирование Quorum Sensing (QS) систем. В работе были использованы в качестве биосенсоров N-ацил-гомосеринлактонов три lux-репортерных штамма, содержащих компоненты QS-систем LasI/LasR, Rh1I/Rh1R, LuxI/LuxR. Показано, что при концентрациях, не оказывающих бактерицидного действия или слабо влияющих на выживаемость штаммов-биосенсоров, указанные кетоны могут модулировать QS-ответ, подавляя экспрессию lux-репортерного оперона в большей степени, чем жизнеспособность клеток этих штаммов.
Ключевые слова: кетоны, Sensing, lux-биосенсоры, ketones, Quorum Sensing, lux-biosensors

1404-014
ГЕНОМНЫЙ ПОЛИМОРФИЗМ ШТАММОВ MYCOBACTERIUM AVIUM SUBSP. HOMINISSUIS
Старкова Дарья Андреевна, Мокроусов Игорь Владиславович, Вязовая Анна Александровна, Журавлев Вячеслав Юрьевич, Оттен Татьяна Фердинандовна, Вишневский Борис Израилевич, Нарвская Ольга Викторовна
Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, 197101, Санкт-Петербург, ул. Мира д. 14; Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, г. Санкт-Петербург, 197101; Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии, г. Санкт-Петербург; Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт фтизиопульмонологии, 193063, Санкт- Петербург, Лиговский просп., д. 2-4
Резюме: Нетуберкулезные микобактерии Mycobacterium avium subsp. hominissuis (MAH) способны вызывать микобактериоз у человека. В данной работе приведены результаты первого в России комплексного исследования геномного полиморфизма клинических штаммов MAH с использованием схемы типирования по 13 локусам MATR-VNTR (TR292, TRX3, TR25, TR47, MATR-1, MA- TR-4, MATR-5, MATR-6, MATR-8, MATR-11, MATR-14, MATR- 15, MATR-16), содержащим тандемные повторы нуклеотидов, и IS1245-RFLP-типирования. Изучены 90 штаммовMAH, выделенных в 2008-2011 гг. от эпидемиологически не связанных больных микобактериозом легких (включая ВИЧ-инфицированных). Выявлена неоднородность штаммов МАН (36 вариантов профилей по 13 локусам MATR-VNTR). Большинство (68,8%) изученных штаммов входили в состав 8 кластеров MATR-VNTR; наиболее крупный кластер включал 37 штаммов с 13-значным числовым профилем 2222223145443'. В нуклеотидной последовательности локуса MATR-16 (3') выявлена протяженная деления (GenBank accession no. KF479191). Штаммы MAH, входящие в состав кластеров MATR-VNTR, были неоднородны по маркеру IS1245. Метод MATR-VNTR-типирования по 13 локусам целесообразно использовать для предварительной дифференциации российских штаммов MAH с последующим анализом кластеров MATR-VNTR методом IS1245-RFLP-типирования.
Ключевые слова: микобактериоз, Mycobacterium avium, MATR-VNTR-типирование, IS1245-RFLP-типирование, mycobacteriosis, Mycobacterium avium, MATR-VNTR-typing, IS1245-RFLP-typing

1404-020
ОДНОПРОБИРОЧНЫЙ ТЕСТ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ И КОЛИЧЕСТВЕННОГО АНАЛИЗА РНК ГЕНЕТИЧЕСКИХ РАЗНОВИДНОСТЕЙ ВИЧ, ВКЛЮЧАЯ РЕДКИЕ НЕ-М ГРУППЫ ВИЧ-1 И ВИЧ-2, НА ОСНОВЕ ОТ-ПЦР В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ
Прасолова Мария Анатольевна, Иванов Михаил Константинович, Гашникова Наталья Матвеевна, Нетёсова Екатерина Сергеевна, Дымшиц Григорий Моисеевич
Институт цитологии и генетики СО РАН; ЗАО «Вектор-Бест»; Новосибирский государственный университет, 630090, Новосибирск; ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор», 630559, п. Кольцово, Новосибирская область; ЗАО «Вектор-Бест», 630559, п. Кольцово, Новосибирская область; Новосибирский государственный университет; Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск
Резюме: На основе метода ОТ-ПЦР с флюоресцентной детекцией в режиме реального времени разработан прототип диагностического набора, позволяющий надежно выявлять в сыворотке и плазме крови различные генетические варианты РНК ВИЧ-1 групп M,N,O,P и РНК ВИЧ-2. Набор обладает высокой устойчивостью к нуклеотидным несоответствиям, широким линейным диапазоном измерения концентраций РНК ВИЧ, 100% аналитической специфичностью и хорошей аналитической чувствительностью: 42 МЕ/мл (ВИЧ-1 группы М), 45 копий/мл (ВИЧ-2), 92 копий/ мл (ВИЧ-1 группы O), 90 копий/мл (ВИЧ-1 группы N). С помощью разработанного диагностического набора удалось успешно выявить и определить концентрацию РНК ВИЧ для всех образцов из международной референсной панели генотипов ВИЧ-1; результаты проведенных тестов коррелируют с данными, полученными с помощью коммерческих тестов.
Ключевые слова: ВИЧ-1 группа O, ВИЧ-2, устойчивость к нуклеотидным несоответствиям, ОТ-ПЦР, HIV-1, group O, HIV-2, stability against nucleotide defects, RT-PCR

1404-025
ВИРУС КРЫМСКОЙ-КОНГО ГЕМОРРАГИЧЕСКОЙ ЛИХОРАДКИ, ЦИРКУЛИРОВАВШИЙ В СТАВРОПОЛЬСКОМ КРАЕ В 2011 Г
Яшина Людмила Николаевна, Малышев Борис Сотиволдиевич, Нетесова Нина Александровна, Волынкина Анна Сергеевна , Василенко Надежда Филипповна
ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор», р.п. Кольцово, Новосибирского района, Новосибирской области; ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, 355035, г. Ставрополь, ул. Советская, 13-15
Резюме: Проведен генетический мониторинг вируса крымской-конго геморрагической лихорадки (ККГЛ), циркулировавшего на территории Ставропольского края в 2011 г. Методом обратной транскрипции - полимеразной цепной реакции с последующим секвенированием генотипированы 14 РНК изолятов вируса, выделенных от больных Крымской геморрагической лихорадкой (КГЛ). Анализ последовательностей фрагмента M-сегмента генома (позиции 2607-2932) вируса ККГЛ подтвердил циркуляцию на территории края европейского генетического типа Европа 1. В дополнение к ранее выявленному генетическому варианту STV/ROS данного генотипа, на территории Ставропольского края выявлен второй генетический вариант VLG/ROS.
Ключевые слова: вирус крымской-конго геморрагической лихорадки, генотип, Ставропольский край, Crimean-Congo hemorrhagic fever virus, genotype, Stavropol

1404-029
МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ГЕНОМОВ ВИРУСОВ РЕСПИРАТОРНО-РЕПРОДУКТИВНОГО СИНДРОМА СВИНЕЙ И ЦИРКОВИРУСА ВТОРОГО ТИПА, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Булгаков Александр Дмитриевич, Гребенникова Татьяна Владимировна, Южаков Антон Геннадьевич, Алипер Тарас Иванович , Непоклонов Евгений Анатольевич
Московский государственный университет пищевых производств, 125080, Москва; НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского Минздрава России, 123098, Москва
Резюме: Представлен молекулярно-генетический анализ геномов вирусов респираторно-репродуктивного синдрома свиней (ВРРСС) и цирковируса второго типа (ЦВС-2), циркулирующих на территории РФ. Результаты исследования показали циркуляцию штаммов европейского генотипа ВРРСС, сходных с изолятами, выделенными на территории Франции, Дании с 1998 до 2001 г. Показана гомологичность по фрагменту одного из генов российских изолятов вакцинному штамму, используемому в вакцине Porcilis PRRS (Интервет), что требует дальнейшего изучения. Не обнаружено североамериканских генотипов вируса РРСС. Геномы исследованных ЦВС-2 образуют 3 отдельных группы. Одна формируется изолятами, выделенными на территории Малайзии, Бразилии, Швейцарии, Китая, Словакии, Великобритании, США в период с 2004 г. до настоящего времени (генотип 2b). Во вторую группу входят полевые изоляты вирусов, выделенные с 2000 по 2012 г. в Канаде, США, Китае и Южной Корее (генотип 2а). Третья группа формируется высокопатогенными изолятами, выделенными в 2013 г. в Китае (генотип 2с). Показана циркуляция всех 3 известных генотипов ЦВС-2: 2a, 2b и 2с на территории РФ.
Ключевые слова: молекулярно-генетический анализ, филогенетический анализ, вирус респираторно-репродуктивного синдрома свиней, цирковирус свиней второго типа, molecular genetic analysis, phylogenetic analysis, porcine respiratory-reproductive syndrome virus, porcine circovirus 2 type

1404-034
ГЕНОТИПИЧЕСКАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ ВИРУСА БЫЧЬЕГО ЛЕЙКОЗА
Вафин Рамиль Ришадович, Хазипов Нариман Залилович, Шаева Айгуль Юсуповна, Закирова Зухра Рустамовна, Зайнуллин Ленар Ильзизарович, Тюлькин Сергей Владимирович, Абдулина Индира Рамильевна, Алимов Азат Миргасимович
ФГБОУ ВПО «Казанская государственная академия ветеринарной медицины им. Н.Э. Баумана» Минсельхозпрода РФ; ФГАОУ «ВПО Казанский (Приволжский) федеральный университет» Минобрнауки РФ, 420074, Казань; ФГБОУ ВПО «Казанская государственная академия ветеринарной медицины им. Н.Э. Баумана» Минсельхозпрода РФ, 420074, Казань; ФГАОУ «ВПО Казанский (Приволжский) федеральный университет» Минобрнауки РФ, 420008, Казань; ФГБУ «Татарская межрегиональная ветеринарная лаборатория» Россельхознадзора РФ, 420087, Казань; ФГАОУ «ВПО Казанский (Приволжский) федеральный университет» Минобрнауки РФ; ФГБУ «Татарская межрегиональная ветеринарная лаборатория» Россельхознадзора РФ, 420008, Казань
Резюме: На основании филогенетического анализа секвенированных последовательностей локуса env-генна провируса BLV и разработанной нами стратегии ПЦР-ПДРФ-генотипирования, согласующейся с филогенетической классификацией возбудителя, установлена таксономическая принадлежность изолятов ВБЛ, выявленных у крупного рогатого скота в животноводческих хозяйствах Республики Татарстан Российской Федерации, идентифицированных как представители 4-го, 7-го и 8-го генотипов BLV Из 100 идентифицированных изолятов 64 относились к 4-му генотипу, 28 представителей BLV принадлежали кластеру 7-го генотипа, а остальные 8 исследованных образцов провируса характеризовались признаком нового, недавно обоснованного 8-го генотипа возбудителя. Предложенная нами стратегия ПЦР-ПДРФ-генотипирования ВБЛ с использованием пяти подобранных эндонуклеаз рестрикций (PvuII, SspI, HphI, HaeIII и BstYI) обеспечила корректную процедуру генотипической идентификации изучаемого вирусного патогена.
Ключевые слова: BLV, генотип, идентификация, секвенирование, филогенетический анализ, ПЦР, ПДРФ, BLV, genotype, identification, sequencing, phylogenetic analysis, PCR, PDRF