Молекулярная генетика, микробиология и вирусология №4 2009

В. Е. Ведерников1, 2, М. К. Иванов1, 2, 3, М. А. Прасолова1, 2, Е. В. Кандрушин1, Г. М. Дымшиц2, 3
1ЗАО "Вектор-Бест", пос. Кольцово, Новосибирская область; 2Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск; 3Новосибирский государственный университет

Для корреспонденции:  Ведерников Виталий Евгеньевич.
НЦ ИГ СО РАН
E-mail: vve23@mail.ru

ГЕНОТИПИРОВАНИЕ ВИРУСА ГЕПАТИТА С ПРИ ПОМОЩИ ПЦР-РВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ 5'-ГИДРОЛИЗУЕМЫХ ЗОНДОВ С ОЛИГОДЕЗОКСИИНОЗИНОВЫМИ ЛИНКЕРАМИ

Вирус гепатита С (ВГС) является основной причиной острого поражения печени, включая цирроз и гепатоцеллюлярную карциному. Определение генотипа ВГС включено в алгоритм лабораторного обследования с целью выбора эффективной схемы лечения, поскольку ответ на противовирусную терапию зависит от генотипа вируса. Нами разработана система генотипирования ВГС при помощи ПЦР-РВ, повышенная генотипспецифичность которой обеспечена использованием оригинального подхода к дизайну флюорогенных зондов, содержащих в своем составе олигодезоксиинозиновые линкеры. Использование данной системы позволяет с высокой специфичностью и аналитической чувствительностью (100 МЕ/мл) выявлять генотипы 1, 2, 3 и группу генотипов 4—6. С помощью разработанной системы определен генотип ВГС в 285 клинических образцах, полученных из медицинских учреждений Сибирского региона. Выявлены штаммы, соответствующие генотипу 1 (45% образцов), генотипу 2 (6%), генотипу 3 (49%). Дискордантных результатов с данными секвенирования и генотипирования коммерческими тест-системами не получено.

Ключевые слова:  Hepatitis C Virus, 5 Nuclease Real-Time PCR, Oligodeoxyinosine Linkers

ЛИТЕРАТУРА

1. Bergstrom D. E., Zhang P., Johnson W. T. // Nucl. Acids Res. — 1997. — Vol. 25. — P. 1935—1942.

2. Bukh J., Purcell R. H., Miller R. H. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 1992. — Vol. 89. — P. 4942—4946.

3. Bukh J., Purcell R. H., Miller R. H. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 1994. — Vol. 91. — P. 8239—8243.

4. Bullock G. C., Bruns D. E., Haverstick D. M. // Clin. Chem. — 2002. — Vol. 48. — P. 2147—2154.

5. Chan S. W., McOmish F., Holmes E. C. et al. // J. Gen. Virol. — 1992. — Vol. 73. — P. 1131—1141.

6. Choo Q. L., Richman K. H., Han J. H. et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 1991. — Vol. 88. — P. 2451—2455.

7. Chun J. Y., Kim K. J., Hwang I. T. et al. // Nucl. Acids Res. — 2007. — Vol. 35. — P. 1—6.

8. Davidson F. P., Simmonds J. C., Ferguson L. M. et al. // J. Gen. Virol. — 1995. — Vol. 76. — P. 1197—1204.

9. Hadziyannis S. J., Sette Jr. H.., Morgan T. R. et al. // Ann. Intern. Med. — 2004. — Vol. 140. — P. 346—355.

10. Lindh M., Hannoun C. // J. Clin. Virol. — 2005. — Vol. 34. — P. 108—114.

11. Manns M. P., McHutchison J. G., Gordon S. C. et al. // Lancet. — 2001. — Vol. 358. — P. 958—965.

12. Nolte F. S., Green A. M., Fiebelkorn K. R. et al. // J. Clin. Microbiol. — 2003. — Vol. 41. — P. 1558—1564.

13. Okamoto H., Sugiyama Y., Okada S. et al. // J. Gen. Virol. — 1992. — Vol. 73. — P. 673—679.

14. Rolfe K. J., Alexander G. J. M., Wreghitt T. G. // J. Clin. Virol. — 2005. — Vol. 34. — P. 115—121.

15. Schröter M., Zöllner B., Schäfer P. et al. // J. Clin. Microbiol. — 2002. — Vol. 40. — P. 2046—2050.

16. Simmonds P., Holmes E. C., Cha T. A. et al. // J. Gen. Virol. — 1993. — Vol. 74. — P. 2391—2399.

17. Simmonds P., McOmish F., Yap P. L. et al. // J. Gen. Virol. — 1993. — Vol. 74. — P. 661—668.

18. Stuyver L., Rossau R., Wyseur A. et al. // J. Clin. Virol. — 1993. — Vol. 34. — P. 108—114.