Молекулярная генетика, микробиология и вирусология №1 2010

И. В. Бабкин, И. Н. Бабкина
Федеральное государственное учреждение науки Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии "Вектор" Роспотребнадзора, Новосибирская обл., пос. Кольцово

Для корреспонденции:  Бабкин Игорь Викторович. E-mail: i_babkin@mail.ru

ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ГЕОГРАФИЧЕСКИХ БИОВАРИАНТОВ ВИРУСА НАТУРАЛЬНОЙ ОСПЫ МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ

Сравнительный анализ аминокислотных и нуклеотидных последовательностей ОРТ-вариабельных концевых протяженных сегментов генома большого набора штаммов вируса натуральной оспы (ВНО) выявил локус, перспективный для генотипирования вируса по географическому признаку. Таким районом оказалась ОРТ O1L ВНО. Были рассчитаны праймеры для синтеза в ПЦР фрагмента этой рамки, позволяющие отличить генотип ВНО из Южной Америки и Западной Африки от остальных штаммов вируса. Дальнейший ПЦР-ПДРФ-анализ позволял достоверно дифференцировать штаммы из Азии и Африки (кроме Западной). Этот метод был тестирован на 16 штаммах ВНО с различным географическим происхождением. Созданный подход является простым, быстрым и надежным.

Ключевые слова:  

ЛИТЕРАТУРА

1. Бабкин И. В., Щелкунов С. Н. // Молекул. биол. — 2006. — Т. 40, № 1. — С. 20—24.

2. Бабкин И. В., Непомнящих Т. С., Максютов Р. А. и др. // Молекул. биол. — 2008. — Т. 42. — С. 612—624.

3. Бабкин И. В., Щелкунов С. Н. // Генетика. — 2008. — Т. 44, № 8. — С. 1029—1044.

4. Бабкина И. Н., Бабкин И. В., Ли Ю. и др. // Докл. РАН. — 2004. — Т. 398. — С. 316—319.

5. Бабкина И. Н., Бабкин И. В., Маренникова С. С. и др. // Молекул. биол. — 2004. — Т. 38. — С. 429—436.

6. Гаврилова Е. В., Бабкин И. В., Щелкунов С. Н. // Молекул. генетика. — 2003. — № 1. — С. 45—51.

7. Львов Д. К., Зверев В. В., Гинцбург А. Л. и др. // Вопр. вирусол. — 2008. — № 4. — С. 4—8.

8. Esposito J. J., Sammons S. A., Frace A. M. et al. // Science. — 2006. — Vol. 313. — P. 807—812.

9. Hall T. A. // Nucl. Acids Symp. Ser. — 1999. — Vol. 41. — P. 95—98.

10. Kumar S., Tamura K., Nei M. // Brief. Bioinform. — 2004. — Vol. 5. — P. 150—163.

11. Olson V. A., Laue T., Laker M. T. et al. // J. Clin. Microbiol. — 2004. — Vol. 42, N 5. — P. 1940—1946.

12. Shchelkunov S. N., Gavrilova E. V., Babkin I. V. // Mol. Cell. Prob. — 2005. — Vol. 19. — P. 1—8.

13. Thompson J. D., Gibson T. J., Plewniak F. et al. // Nucl. Acids Res. — 1997. — Vol. 24. — P. 4876—4882.